Obecne zastosowanie certyfikatów kwalifikowanych to:

• podpisywanie elektronicznych deklaracji płatników składek ZUS (od wersji 7.0 programu PŁATNIK)
• podpisywanie i składanie wniosków do Krajowego Rejestru Sądowego
• podpisywanie i wysyłanie raportów do Generalnego Inspektora Informacji Finansowej
• prowadzenie korespondencji z Generalnym Inspektorem Ochrony Danych Osobowych
• podpisywanie i i wysyłanie deklaracji podatkowych do urzędów skarbowych
• podpisywanie faktur elektronicznych
• wymiana informacji z urzędami administracji publicznej (termin obowiązkowy to maj 2008)
• podpisywanie dokumentacji medycznej w celu archiwizacji
• składanie dyspozycji, przelewów, zmian w bankowości elektronicznej (Nordea Bank Polska i BPH)
• podpisywanie umów i dokumentów w codziennej działalności gospodarczej

Komercyjny podpis elektroniczny służy do szyfrowania i podpisywania poczty elektronicznej.

Zastosowanie certyfikatu komercyjnego obejmuje m.in.:

• szyfrowanie poczty elektronicznej
• szyfrowanie plików
• podpisywanie danych, w tym poczty elektronicznej (jednak z mniejszą mocą prawną niż w przypadku
• certyfikatu kwalifikowanego.

Szyfrując dokumenty elektroniczne załączone do poczty elektronicznej, w tym również dokumenty podpisane podpisem kwalifikowanym, mamy pewność, że nikt poza adresatem przesyłki nie będzie mógł ich rozszyfrować i przeczytać.